Fitopatometria no software R com o pacote pliman [Português]

Data
28 e 29/09/2021
Carga Horária
02 horas
Modalidade:
online
Software:
R e Rstudio

Cronograma

Primeira parte (28/09/2021)

  • Doenças de plantas
  • Fitopatometria
  • Quantificação via software
  • O espaço de cores RGB
  • Métodos para quantificação
  • Instalação dos programas/pacotes

Segunda parte (29/09/2021)

  • Manipulação de imagens
  • Quantificação de doenças
  • Contagem e propriedades de lesões
  • Processamento em lote

Ministrante

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Tiago Olivoto é Técnico Agrícola pela Escola Estadual de Educação Básica Viadutos (2008), Engenheiro agrônomo pela Universidade do Oeste de Santa Catarina (2014), Mestre em Agronomia: Agricultura e Ambiente pela Universidade Federal de Santa Maria (2017) e Doutor em Agronomia com ênfase em Melhoramento Genético Vegetal e Experimentação Agrícola pela Universidade Federal de Santa Maria (2020). Tem experiência profissional como Técnico Agrícola (2008-2011), consultor técnico de vendas (2012-2013), na administração pública e gestão de pessoas (2014-2015), atuando como Secretário Municipal da Agricultura e Meio Ambiente no município de Cacique Doble-RS. Atualmente é Professor Substituto na Universidade Federal de Santa Maria (UFSM). É membro atuante da International Biometric Society (IBS) e integrante da comissão de Jovens Pesquisadores da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria, RBras, (JP-RBras) representando os estados do RS, SC e PR. Atua também como revisor ad hoc em revistas científicas nacionais e internacionais. Exerce atividades de pesquisa relacionadas ao planejamento, condução e avaliação de experimentos com culturas anuais, com ênfase no desenvolvimento e aperfeiçoamento de métodos estatístico-experimentais para avaliação de ensaios multi-ambientes em melhoramento genético de plantas. Em seu Currículo, os termos mais frequentes na contextualização da produção científica são: análise de ensaios multi-ambientes, índices multivariados, intervalo de confiança para correlação, planejamento de experimentos, seleção indireta, interação genótipo-vs-ambiente, modelos mistos e parâmetros genéticos. Tem experiência com os softwares Gênes, GEA-R, R, SAS e SPSS. Desenvolveu os pacotes para software R metan (https://tiagoolivoto.github.io/metan/), voltado para a checagem, manipulação, análise e apresentação de dados de ensaios multi-ambientes e pliman (https://tiagoolivoto.github.io/pliman/) voltado para a análise de imagens de plantas.

Currículo Lattes

Mendeley

Research Gate

Google Escolar

Visão geral

pliman (plant image analysis) é projetado para analisar imagens de plantas, especialmente relacionadas à análise de folhas. Você fornece paletas de cores, diz ao pliman o que cada uma representa e ele cuida dos detalhes. Índices de imagem também podem ser usados para segmentar imagens. O pacote irá ajudá-lo a:

  • Medir a área foliar
  • Mensurar a severidade de doenças;
  • Contar o número de lesões;
  • Contar objetos em uma imagem;
  • Obter os valores RGB para cada objeto em uma imagem;
  • Obter medidas de objetos;

Instalação

Instale a versão lançada do pliman do CRAN com:

install.packages ("pliman")

Ou instale a versão de desenvolvimento do GitHub (recomendado)

devtools::install_github ("TiagoOlivoto/pliman")

# Para instalar a vinheta HTML, use
devtools::install_github ("TiagoOlivoto/pliman", build_vignettes = TRUE)

Nota: Se você for um usuário do Windows, sugere-se primeiro baixar e instalar a versão mais recente do Rtools. Para obter as notas de lançamento mais recentes sobre esta versão de desenvolvimento, consulte o arquivo NEWS.

Pacotes necessários

library(tidyverse)  # manipulação de dados
library(pliman)
library(rio)        # importação/exportação de dados

Imagens e orientações

Sugere-se que as imagens sejam baixadas e a pasta definida como diretório padrão. Em meu exemplo, setei o seguinte caminho como diretório padrão.

setwd("E:/Desktop/tiagoolivoto/static/tutorials/pliman_esalq/leaves")

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Last updated on Sep 29, 2021

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