Luzes, câmera {pliman}! analisando imagens no software R [Português]

Data
11/12/2021
Duração
Das 08:00 as 12:00
Modalidade:
online
Software:
R e Rstudio

Ministrante

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Tiago Olivoto é Técnico Agrícola pela Escola Estadual de Educação Básica Viadutos (2008), Engenheiro agrônomo pela Universidade do Oeste de Santa Catarina (2014), Mestre em Agronomia: Agricultura e Ambiente pela Universidade Federal de Santa Maria (2017) e Doutor em Agronomia com ênfase em Melhoramento Genético Vegetal e Experimentação Agrícola pela Universidade Federal de Santa Maria (2020). Tem experiência profissional como Técnico Agrícola (2008-2011), consultor técnico de vendas (2012-2013), na administração pública e gestão de pessoas (2014-2015), atuando como Secretário Municipal da Agricultura e Meio Ambiente no município de Cacique Doble-RS. Atualmente é Professor Substituto na Universidade Federal de Santa Maria (UFSM). É membro atuante da International Biometric Society (IBS) e integrante da comissão de Jovens Pesquisadores da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria, RBras, (JP-RBras) representando os estados do RS, SC e PR. Atua também como revisor ad hoc em revistas científicas nacionais e internacionais. Exerce atividades de pesquisa relacionadas ao planejamento, condução e avaliação de experimentos com culturas anuais, com ênfase no desenvolvimento e aperfeiçoamento de métodos estatístico-experimentais para avaliação de ensaios multi-ambientes em melhoramento genético de plantas. Em seu Currículo, os termos mais frequentes na contextualização da produção científica são: análise de ensaios multi-ambientes, índices multivariados, intervalo de confiança para correlação, planejamento de experimentos, seleção indireta, interação genótipo-vs-ambiente, modelos mistos e parâmetros genéticos. Tem experiência com os softwares Gênes, GEA-R, R, SAS e SPSS. Desenvolveu os pacotes para software R metan (https://tiagoolivoto.github.io/metan/), voltado para a checagem, manipulação, análise e apresentação de dados de ensaios multi-ambientes e pliman (https://tiagoolivoto.github.io/pliman/) voltado para a análise de imagens de plantas.

Currículo Lattes

Mendeley

Research Gate

Google Escolar

Visão geral

{pliman} (plant image analysis) foi concebido para analisar (também) imagens de plantas, especialmente relacionadas à análise de folhas e sementes. O pacote irá ajudá-lo a:

  • Mensurar a severidade de doenças foliares;
  • Contar o número de lesões;
  • Obter características da forma das lesões;
  • Contar objetos em uma imagem;
  • Obter características de objetos (área, perímetro, raio, circularidade, excentricidade, solidez);
  • Obter os valores RGB para cada objeto em uma imagem;
  • Obter as coordenadas de objetos;
  • Obter os contornos de objetos;
  • Obter o convex hull;
  • Isolar objetos;
  • Plotar medidas de objetos.

Instalação

Instale a versão lançada do pliman do CRAN com:

install.packages ("pliman")

Ou instale a versão de desenvolvimento do GitHub

# instalação do github
if(!require(devtools)){
  install.packages("devtools")
}

install_github ("TiagoOlivoto/pliman")

# Para instalar a vinheta HTML, use
devtools::install_github ("TiagoOlivoto/pliman", build_vignettes = TRUE)

Nota: Se você for um usuário do Windows, sugere-se primeiro baixar e instalar a versão mais recente do Rtools. Para obter as notas de lançamento mais recentes sobre esta versão de desenvolvimento, consulte o arquivo NEWS.

Pacotes necessários

library(tidyverse)  # manipulação de dados
library(pliman)     # análise de imagens
library(patchwork)  # organizar gráficos

Imagens, scripts e orientações

Sugere-se que as imagens sejam baixadas e a pasta definida como diretório padrão. Em meu exemplo, setei o seguinte caminho como diretório padrão. O arquivo .zip contém as imagens e os scripts necessários para reproduzir o conteúdo do material.

# mude de acordo com sua pasta
setwd("E:/Desktop/tiagoolivoto/static/tutorials/pliman_lca/imgs")

Licença

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Last updated on Dec 8, 2021

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