Pacote R pliman: Fitopatometria [Português]
Software e instruções de instalação
Ministrante
Filho de agricultores familiares, Técnico Agrícola pela Escola Estadual de Educação Básica Viadutos (2008), Engenheiro agrônomo pela Universidade do Oeste de Santa Catarina (2014), Mestre em Agronomia: Agricultura e Ambiente pela Universidade Federal de Santa Maria (2017) e Doutor em Agronomia com ênfase em Melhoramento Genético Vegetal e Experimentação Agrícola pela Universidade Federal de Santa Maria (2020). Atualmente é Professor Adjunto A1 do Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), atuando na área de Melhoramento Genético Vegetal e Experimentação Agrícola. Exerce atividades relacionadas ao planejamento, condução e avaliação de experimentos com culturas anuais, com ênfase no desenvolvimento e aperfeiçoamento de métodos estatístico-experimentais para avaliação de ensaios multi-ambientes em melhoramento genético de plantas. Em seu Currículo, os termos mais frequentes na contextualização da produção científica são: análise de ensaios multi-ambientes, índices multivariados, intervalo de confiança para correlação, planejamento de experimentos, seleção indireta, interação genótipo-vs-ambiente, modelos mistos e parâmetros genéticos. É membro atuante da International Biometric Society (IBS) e integrante da comissão de Jovens Pesquisadores da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria, RBras, (JP-RBras) representando os estados do RS, SC e PR. Atua também como revisor ad hoc em revistas científicas nacionais e internacionais. Tem experiência com os softwares Gênes, GEA-R, R, SAS e SPSS. Vem desenvolvendo os pacotes para software R metan (https://tiagoolivoto.github.io/metan/), voltado para a checagem, manipulação, análise e apresentação de dados de ensaios multi-ambientes e pliman (https://tiagoolivoto.github.io/pliman/) voltado para a análise de imagens de plantas.
Visão geral
{pliman} (plant image analysis) foi concebido para analisar (também) imagens de plantas, especialmente relacionadas à análise de folhas e sementes. O pacote irá ajudá-lo a:
- Mensurar a severidade de doenças foliares;
- Contar o número de lesões;
- Obter características da forma das lesões;
- Contar objetos em uma imagem;
- Obter características de objetos (área, perímetro, raio, circularidade, excentricidade, solidez);
- Obter os valores RGB para cada objeto em uma imagem;
- Obter as coordenadas de objetos;
- Obter os contornos de objetos;
- Obter o convex hull;
- Isolar objetos;
- Plotar medidas de objetos.
Instalação
Instale a versão lançada do pliman do CRAN com:
install.packages ("pliman")
Ou instale a versão de desenvolvimento do GitHub
# instalação do github
if(!require(devtools)){
install.packages("devtools")
}
install_github ("TiagoOlivoto/pliman")
# Para instalar a vinheta HTML, use
devtools::install_github ("TiagoOlivoto/pliman", build_vignettes = TRUE)
Nota: Se você for um usuário do Windows, sugere-se primeiro baixar e instalar a versão mais recente do Rtools. Para obter as notas de lançamento mais recentes sobre esta versão de desenvolvimento, consulte o arquivo NEWS.
Citação
Para citar o pacote pliman em seus trabalhos, use a seguinte referência:
Olivoto, T. (2022). Lights, camera, pliman! an R package for plant image analysis. Methods in Ecology and Evolution. doi: 10.1111/2041-210X.13803
citation("pliman")
#
# Please, support this project by citing it in your publications!
#
# Olivoto, T.(2020). Lights, camera, pliman! An R package for plant
# image analysis. Methods Ecol Evol. 00:1-10
# doi:10.1111/2041-210X.13803
#
# A BibTeX entry for LaTeX users is
#
# @Article{Olivoto2022,
# author = {Tiago Olivoto},
# title = {Lights, camera, pliman! An R package for plant image analysis},
# journal = {Methods in Ecology and Evolution},
# pages = {1-10},
# year = {2022},
# doi = {10.1111/2041-210X.13803},
# }
Pacotes úteis
Os resultados gerados pelo pacote pliman são retornados em forma de data.frame, o que permite sua manipulação futura dentro do R. Assim, sugere-se que os seguintes pacotes sejam instalados
library(tidyverse) # manipulação de dados
library(pliman) # análise de imagens
library(patchwork) # organizar gráficos
Imagens e orientações
Sugere-se que as imagens sejam baixadas e a pasta definida como diretório padrão. O arquivo .zip disponível no botão abaixo contém uma pasta chamada leaves. Esta pasta contém as imagens e scripts necessários para reprodução dos exemplos. Surigo definir esta pasta como o diretório padrão para o R.
setwd("E:/Desktop/tiagoolivoto/static/tutorials/pliman_ufsc_fito/leaves")
Slides
Take a look!
A palestra a seguir foi ministrada a convite do Presidente da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria ( RBras), em parceria com a ômega Data Science.
Licença
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