Cronograma

Primeira parte

• Manipulação de dados
• Inspeção de dados (outliers, balanceamento, etc)
• Estatísticas descritivas;
• Análise de variância individual (modelo fixo e misto)
• Componentes de variância.

Segunda parte

• Análise de variância conjunta (modelo fixo e misto)
• Índices de estabilidade
• Análise AMMI
• Análise GGE
• Modelos biométricos (Agrupamento, correlação, canônica e trilha)

Cheatsheet

Visão geral

O pacote metan (m ulti-environment trialsanalysis) fornece funções úteis para analisar dados de ensaios multi-ambientes usando métodos paramétricos e não paramétricos. O pacote irá ajudá-lo a:

• Inspecionar os dados para possíveis erros comuns;
• Manipular linhas e colunas;
• Manipular números e strings;
• Calcular estatísticas descritivas;
• Calcular análise de variância dentro de ambientes;
• Computar análise AMMI com predições considerando diferentes números de eixos de componentes principais de interação;
• Computar índices de estabilidade baseados em AMMI;
• Computar análise biplot de GGE;
• Computar índices de estabilidade baseados em BLUP;
• Computar componentes de variância e parâmetros genéticos em modelos de efeitos mistos;
• Executar procedimentos de validação cruzada para modelos da família AMMI e BLUP;
• Calcule estatísticas de estabilidade paramétricas e não paramétricas
• Implementar modelos biométricos

Instalação

Instale a versão lançada do metan do CRAN com:

install.packages ("metan")

Ou instale a versão de desenvolvimento do GitHub com:

devtools::install_github ("TiagoOlivoto/metan")

# Para instalar a vinheta HTML, use
devtools::install_github ("TiagoOlivoto/metan", build_vignettes = TRUE)

Nota: Se você for um usuário do Windows, sugere-se primeiro baixar e instalar a versão mais recente do Rtools. Para obter as notas de lançamento mais recentes sobre esta versão de desenvolvimento, consulte o arquivo NEWS.

Citação

Para citar o metan em publicações, utilize o artigo abaixo

Olivoto, T., & Lúcio, A. D. (2020). metan: An R package for multi‐environment trial analysis. Methods in Ecology and Evolution, 11(6), 783–789. https://doi.org/10.1111/2041-210X.13384

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No R, uma entrada BibTex para citações em documentos \(\LaTeX\) pode ser obtida com

citation("metan")
# 
# Please, support this project by citing it in your publications!
# 
#   Olivoto, T., and Lúcio, A.D. (2020). metan: an R package for
#   multi-environment trial analysis. Methods Ecol Evol. 11:783-789
#   doi:10.1111/2041-210X.13384
# 
# A BibTeX entry for LaTeX users is
# 
#   @Article{Olivoto2020,
#     author = {Tiago Olivoto and Alessandro Dal'Col L{'{u}}cio},
#     title = {metan: an R package for multi-environment trial analysis},
#     journal = {Methods in Ecology and Evolution},
#     volume = {11},
#     number = {6},
#     pages = {783-789},
#     year = {2020},
#     doi = {10.1111/2041-210X.13384},
#   }

Pacotes necessários

library(tidyverse)  # manipulação de dados
library(metan)
library(rio)        # importação/exportação de dados

Conjuntos de dados

Cinco conjuntos de dados serão utilizados. Em todos os códigos deste material, a importação dos dados é feita diretamente do diretório, não sendo obrigatório o download dos mesmos para executar os exemplos. Caso queira, os mesmos podem ser obtidos pelos links abaixo. Os dados são de um experimento que avaliou 13 híbridos em quatro locais em um delineamento de blocos completos casualizados com três repetições. Um total de 10 caracteres foram analizados em cinco plantas, sendo a média de cada bloco apresentada:

• ALT_PLANT: Altura de planta (m)
• ALT_ESP: Altura da espiga (m)
• COMPES: Comprimento da espiga (cm)
• DIAMES: Diâmetro da espiga (cm)
• COMP_SAB: Comprimento do sabugo (cm)
• DIAM_SAB: Diâmetro do sabugo (cm)
• MGE: Massa de grãos por espiga (g)
• NFIL: Número de fileira de grãos (n)
• MMG: Massa de mil grãos (g)
• NGE: Número de grãos por espiga (n)

Os seguintes conjuntos foram preparados considerando os dados multi-ambientes para o experimento citado, visando abordar as diferentes potencialidades do pacote metan

• df_g.xlsx: Dados completos de um único ambiente Download df_g

• df_ge.xlsx: Dados completos do ensaio multi-ambiente Download df_ge

• df_messy.xlsx: Dados do ensaio multi-ambiente “desarrumados” Download df_messy

• df_tidy.xlsx: Dados do ensaio multi-ambiente “arrumados” Download df_tidy

• data_ok.xlsx: Dados do ensaio multi-ambiente após manipulação e inspeção Download df_ok

Scripts

• Download scripts em formato .R

• Download scripts em formato .Rmd

Take a look!

pliman (plant image analysis) é projetado para analisar imagens de plantas, especialmente relacionadas à análise de folhas. Você fornece paletas de cores, diz ao pliman o que cada uma representa e ele cuida dos detalhes. Índices de imagem também podem ser usados para segmentar imagens. O pacote irá ajudá-lo a:

• Medir a área foliar com leaf_area()
• Mensurar a severidade da doença com symptomatic_area()
• Contar o número de lesões com count_lesions()
• Contar objetos em uma imagem com count_objects()
• Obter os valores RGB para cada objeto em uma imagem com objects_rgb()
• Obter medidas de objetos com get_measures()
• Plotar as medidas do objeto com plot_measures()

Licença

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Vídeos

Os vídeos do curso estão disponíveis no canal GEMS_UFSSER

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• Parte 2